Madre de Dios se caracteriza por tener bosques tropicales y humedos. Esta formacion vegetal es caracteristica de la selva baja que esta comprendida entre 200 y 500 msnm. La caracterisitica fundamental de esta vegetacion es la presencia de arboles gigantescos, algunos de los cuales sobre pasan los 50 metros de altuta y los 5 metros de diametro.

Entre las principales especies arbóreas se encuentran el cetico, tangarana, requia, ojé, lupina, cedro, aguano masha, castaño y marona o ipa, entre otras. Los tallo leñosos de estos arboles se encuentran cubiertos por musgos, lianas, plantas trepadoras, hongos, plantas parasitas y orquídeas.

Al Sudoeste se encuentran los bosques nubosos de la cadena montañosa de Pantiacolla, execepto en los escasos lugares de gran altitud y por el norte existen formaciones de bosqeu seco tropical con pantas como el huicungo, shapaja, yarina, aguaje, caoba o aguano,

En esta región se puede y se debe desarrollar una agricultura tropical cientifica, con el objeto de impedir el rápido empobrecimiento de los suelos.

La diversidad de animales que habitan el en departamento de Madre de Dios es considerada por algunos estudiosos como superior a otras partes de la Amazonía, gracias a la existencia de ecosistemas especiales, con suelos enriquecidos con minerales y nutrientes de los suelos andinos, traídos por los rios de montaña.

Entre ls mamíferos se encuentran las tarukas, el jaguar u otorongo, el triguillo y el ocelote , el tapir o sachavaca, el sajino y la huangana; monos como el frailecillo, el mono choro, el maquisapa o mono araña, el cirvo de los pantanos, el lobo de crin, la rata espinoza, el majaz, el cotomono y el oso hormiguero gigante.

En los ríos, lagos y lagunas habitan la vaca marina o manatí y peces como el zúngaro, la doncella , el gamitana, el sábalo, y el boquichico. El delfín rosado es considerado como un ser sobrenatural por los nativos, quienes creen que en ocaciones adopta forma humana y seduce a los bañistas.

Lso ríos y sus alrededores son el hogar de gran cantidad de aves acuáticas, como la garza blanca grande, la garza blanca pequeña, la garza cuca, la garza tamanquita y la famosa pumagarza cuyo plumaje se parece al de la piel del tigre. Tambien por estas zonas podemos encontrar al famoso Gallito de las rocas. Tambien habitan la la hatunyuyu y la perdiz azulada; y gran variedad de guacamayos, loros, gorrienes y tucanes.